Všechno začalo založením požáru. Lidové masy povstalců zapálily na počátku roku 532 n.l. v Konstantinopoli byzantské stavby, mezi nimi například velký biskupský kostel Meggale ekklesia.
Již o několik týdnů později přikázal císař Justinián I. řemeslníkům postavit na troskách bývalého kostela novou stavbu zasvěcenou bohu, která měla překonat všechny stavby vytvořené lidskou rukou. O pět let později (tedy v roce 537 n.l.) byl nový hlavní kostel říše hotov. Císař ho nazval Hagia Sophia (Boží moudrost).
Tento impozantní posvátný chrám stavitelů Anthemia z Trallesu a Isidora z Mílétu je považován za jednu z nejkrásnějších staveb na světě. Nikdy předtím nebyla pouze na základě matematických výpočtů postavena tak obrovská hlavní kupole, která na věřící dělala dojem, jako by se vznášela. Stavitelé tehdy použili nejlepší dostupné materiály.
Velká kopule byla postavena z lehkých cihel z ostrova Rhodos, sloupy s porfyru byly dovezeny z Říma, zlatá a stříbrná zdobení pocházejí z Efezu, serpentinit z Thesálie, bílý mramor z ostrovů na Marmarském moři, žlutý mramor ze severní Afriky. Vnitřek chrámu Boží moudrosti je zalitý jasným světlem linoucím se z mnoha oken a patří mezi nejpropracovanější interiéry v historii stavitelství. Tyto interiéry zdobí 16 000 m2mozaik na zlaceném pozadí. „Sláva bohu, který mi umožnil tuto stavbu dokončit,“ zvolal císař Justinián v den vysvěcení, když jako první vstoupil do kostelní lodě s vysokými klenebními oblouky.
Uplynulo 1 000 let, než byl chrám Boží moudrosti překonán ještě větší a vyšší kupolí Svatopetrského chrámu v Říme vytvořenou Michelangelem. Přibližně ve stejnou dobu byla svatyně se zlatou mozaikou, mramorovými oblouky a filigránovými odlitky pro křesťany ztracena, když Konstantinopol v roce 1453 n.l. dobyli Turci.
Ti město pojmenovali na Istanbul a chrám Boží moudrosti proměnili na mešitu Ayasolya Camii. Čtyři nově postavené minarety okolo kupole zpečetily změnu náboženství i po architektonické stránce. Vevnitř pokryli islámští umělci část byzantské stavby deskami, na nichž jsou zlatým písmem zaznamenány citace z koránu.
V plačícím sloupu před východem je otvor velikosti palce, ve kterém je vždy mokro, protože pórovitým kamenem prosakují spodní vody. Křesťané věří, že otvor ve sloupu je otiskem palce svatého Řehoře. Muslimové ovšem tvrdí, že otisk zanechal svatý muž, který se snažil svatyni obrátit směrem k Mekce.
V roce 1934 tehdejší turecký prezident Atatürk zrušil zasvěcení budovy Alláhovi a zřídil zde muzeum. V roce 1993 inspekce UNESCO přišla na chátrající stav budovy, proto byla podniknuta rekonstrukce. Hagia Sophia se nachází na Seznamu světového kulturního a přírodního dědictví UNESCO od roku 1985.